В стуле рано обнаруживаются патологические примеси в виде стекловидной слизи и крови, которые придают ему характерный вид «малинового желе». Живот умеренно вздут, при пальпации определяется спазм кишок. В случаях неосложненного амебиаза температура нормальная или субфебрильная, интоксикация выражена нерезко. Расстройства питания у больных наблюдаются обычно при затяжном течении заболевания. Печень у большинства больных умеренно увеличена, функция ее не нарушена. Выраженность местных изменений, выявленных при ректороманоскопии, зависит от локализации и тяжести поражения. Чаще выявляются отечность и очаговая гиперемия слизистой оболочки дистальных отделов кишечника с типичными язвами (подрытые края, некротический налет на ее дне, зона гиперемии вокруг язв). Обычно заболевание приобретает хроническое течение с чередованием периодов ремиссий и обострений. Из осложнений отмечаются: кишечные кровотечения, перфорации, рубцовые сужения кишечника. Наиболее частыми внекишечными осложнениями являются гепатиты и абсцессы печени. Реже встречаются абсцессы легких, головного мозга и др. Внекишечные осложнения амебиаза могут представлять большие трудности для распознавания и требуют дифференциальной диагностики с абсцессами, вызванными другими возбудителями.

Лабораторная диагностика амебиаза сводится к обнаружению возбудителя в кале, содержимом абсцессов. Обязательным условием является исследование материала не позднее 15—20 мин после получения его от больного. В последние годы доказана возможность использования метода флуоресцирующих антител для диагностики амебиаза, особенно при внекишечных осложнениях.